Na altura de iniciar o tratamento dos materiais, houve que ter em conta o facto dos inquiridores do ALPI terem utilizado, de modo muito meticuloso, o alfabeto fonético da Revista de Filología Española (ARFE), um alfabeto criado por Tomás Navarro Tomás, publicado na revista em 1915, com larga tradição no mundo hispánico. Este alfabeto reflecte o interesse fonético do seu autor, e da sua época, com uma abundância de detalhes que, hoje, pode parecer excessiva. Apresentava-se um dilema científico entre conservar esta transcrição ou intervir nela, mudando-a para o Alfabeto Fonético Internacional (AFI), de modo a assegurar ao atlas uma difusão mais ampla e a facilitar a recuperação dos dados através de um sistema de pesquisa complexo. Depois de muitas dúvidas, encontrámos uma solução que respeita a transcrição original – já que se poderá aceder sempre à imagem digitalizada das respostas manuscritas nos questionários – e permite pesquisas agilizadas a partir da sua transferência para o Alfabeto Fonético Internacional (AFI).
 
Torna-se evidente que este processo implica uma simplificação das transcrições em ARFE; no entanto, há que ter em conta que os próprios editores do Tomo I do ALPI, com o acordo de Navarro Tomás, já tinham procedido a uma primeira simplificação das suas complexas transcrições. O Epistolario publicado por Vicent García Perales e Santi Cortés (2009) mostra que existiu uma “tabela”, elaborada com a ajuda do mestre, que desapareceu. Assim, houve que proceder a uma nova conversão que estabelecesse uma tabela de equivalências para o AFI. Deste modo, recorreu-se a especialistas na fonética dos vários domínios linguísticos para criar com todas as garantias as equivalências fonéticas na ferramenta electrónica: Amália Andrade, para o português; Francisco Dubert, para o galego; Ralph Penny para os falares asturo-leoneses; Daniel Recasens, para o catalão e Juana Gil, para o castelhano. A 7 e 8 de Março de 2009, a equipa reuniu-se com eles, sob os auspícios da Universidade Autónoma de Madrid, que financiou o encontro. Aí ficou decidida a correspondência entre os símbolos fonéticos do Alfabeto da Revista de Filología Española, utilizados nas transcrições originais do ALPI, e os símbolos do Alfabeto Fonético Internacional. Partiu-se do princípio de que, como organizadores e editores do ALPI, não valorizaríamos as transcrições recebidas e que interviríamos apenas no estabelecimento das suas equivalências com o AFI, de modo a evitar a perda do que é essencial para a caracterização dos falares estudados.
 
Publicamos aqui a tabela das equivalências fonéticas, reelaborada com a ajuda de Francisco Dubert, Maria Pilar Perea, Xulio Sousa e Rosabel San Segundo. Convém ter em linha de conta que, quem consultar o ALPI terá, ademais, a possibilidade de ver  literalmente, a transcrição original dos dados, já que a ferramenta informática inclui, entre outros aspectos técnicos, a imagem digitalizada da totalidade das respostas com a transcrição original dos inquiridores em ARFE.