Para Tomás Navarro Tomás y su equipo la transcripción fonética era de importancia capital a la hora de recoger y de editar sus materiales lingüísticos. Y esto era normal en la Europa filológica de la época. Ramón Menéndez Pidal había enviado a Navarro Tomás con una pensión de la Junta para la Ampliación de Estudios para que se formase en los mejores laboratorios de fonética de Francia, Suiza y Alemania. A su vuelta a Madrid fue cuando Navarro Tomás creó el Laboratorio de Fonética dentro de la Sección de Filología del Centro de Estudios Históricos, y de hecho los trabajos del ALPI se enmarcaban en los del Laboratorio.
Refiriéndose a la importancia que daba a la transcripción fonética en el atlas, Navarro Tomás escribió:
El valor demostrativo de estos mapas […] es mérito de la detallada precisión de sus transcripciones. Una investigación realizada con menos rigor analítico y con transcripción menos estrecha, habría resbalado por encima de muchos de estos pormenores tan significativos para el cabal conocimiento de la materia. En efecto, no se trata de detalles fuera del alcance de una observación adecuada. Son sentidos de manera general, pero sólo adquiere conciencia de ellos el oído adiestrado para definirlos.
Visto a la distancia de los cuarenta años transcurridos, no se puede decir que el plan del ALPI ni el método seguido en su elaboración hayan perdido actualidad ni consistencia. Si hoy hubiera que repetir la empresa, habría que aplicar las mismas normas. No se ha descubierto manera de estudiar la lengua popular sin ir a buscarla a su propio terreno. Tampoco hay modo de representar esa lengua sin imponerse limitaciones de sujetos y de lugares. Los aparatos mecánicos sólo prestan una ayuda relativa. El oído convenientemente ejercitado sigue siendo el instrumento más perfecto. Muchas veces, al repasar en la oficina una cinta magnetofónica, se echa de menos la presencia de la persona que la inscribió.
(Navarro Tomás 1975: 19)
A Navarro Tomás se debe la creación del Alfabeto Fonético de la Revista de Filología Española (RFE, II, 1915: 374-376), un alfabeto extraordinariamente rico en matices que adaptaba a las hablas peninsulares los sistemas de transcripción de otros atlas europeos con algunos símbolos del Alfabeto Fonético Internacional (AFI). Él mismo se ocupó de entrenar a los futuros encuestadores del atlas en la utilización rigurosa de este alfabeto que, durante mucho tiempo, ha sido un referente para la mayor parte de los atlas lingüísticos del mundo hispánico.
El alfabeto fonético en la Revista de Filología Española
La Introducción del ALPI dedica ocho páginas de gran formato a describir pormenorizadamente el alfabeto fonético que emplea. Allí se explica por qué, a la hora de cartografiar los datos, optaron por simplificar la transcripción que se había utilizado en las encuestas:
Se estimó conveniente simplificar en algunos casos las transcripciones fonéticas sacrificando ciertos matices, con el doble fin de unificar el criterio de los transcriptores y de facilitar la lectura de las notaciones; en esta labor se tuvieron muy en cuenta las instrucciones de don Tomás Navarro.
(Introducción al ALPI, 1962 : 6)