Tomás Navarro Tomás delante de la     Residencia de Estudiantes (Madrid)
En 1929, después de un período de preparación largo y gracias a una subvención de la Junta de Relaciones Culturales, se pusieron en marcha los trabajos del ALPI. La mayor parte de las encuestas se hicieron en poco tiempo, entre 1931 y el verano de 1936, cuando la guerra civil las interrumpió y su director tuvo que salir al exilio. A finales de los años cuarenta, en vista de que la situación política española se mantenía, Navarro Tomás decidió enviar los cuestionarios de las encuestas hechas antes de la guerra a Madrid, al Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), el organismo que había heredado las competencias del Centro de Estudios Históricos. En los últimos meses de 1950 Lorenzo Rodríguez-Castellano y Manuel Sanchis Guarner, dos de los antiguos colaboradores del ALPI, se desplazaron a Nueva York para hacerse cargo de los cuestionarios y para fijar con Navarro Tomás las cuestiones metodológicas fundamentales que había que seguir, ya que el CSIC se había comprometido a contratarlos para que organizasen las encuestas que aún estaban pendientes y preparasen la edición del atlas.
Finalmente, después de muchas vicisitudes, el CSIC editó en 1962 un primer tomo de Fonética con 75 mapas, pero la publicación se interrumpió y no se retomó. Abandonado el proyecto, los cuestionarios del ALPI quedaron repartidos entre los encuestadores responsables de las tres grandes zonas peninsulares -Lorenzo Rodríguez-Castellano, Aníbal Otero y Manuel Sanchis Guarner-, que se habían encargado hasta entonces de elaborar los materiales.